Gerçek dünya, Matrix'in makine askerleri doğrulusunda istila edilirken, Zion'un da yaşanabilir bir yer durumuna getirilme çalışmaları paralel olarak devam etmekte. Neo'nun bütün insanlığı, gerçek hayata geri döndürüp döndüremeyeceği ve Matrix düzeneğinin tam manasıyla durdurulup durdurulmayacağı, gerçek dünya ile sanal dünya Matrix'in arasında sıkışıp kalan Neo'nun kendini kurtarabilmesine bağlıdır. Aksiyon ve bilimkompu sinemasında mühim bir dönüm noktası olan Matrix serisinin son ayağı olan Matrix Revolutions, makineler ve insanoğlunun amansız harpına sahne oluyor.